Here are a few natural Swedish rewrites of that title, depending on the tone:
Option 1 (Straightforward news headline):
Antalet försvunna efter översvämningskatastrofen i Nepal stiger till över 6 000.
Option 2 (Shorter, punchier headline style):
Över 6 000 försvunna efter översvämningskatastrofen i Nepal.
Option 3 (Verb-focused, slightly more formal):
Försvunnenheten ökar i Nepal – över 6 000 saknas efter översvämningarna.
The first option is likely the best, as it closely mirrors the meaning of the original title while sounding natural in Swedish.