Here are a few natural Swedish rewrites of that title, depending on the tone:

Option 1 (Straightforward news headline):

Antalet försvunna efter översvämningskatastrofen i Nepal stiger till över 6 000.

Option 2 (Shorter, punchier headline style):

Över 6 000 försvunna efter översvämningskatastrofen i Nepal.

Option 3 (Verb-focused, slightly more formal):

Försvunnenheten ökar i Nepal – över 6 000 saknas efter översvämningarna.

The first option is likely the best, as it closely mirrors the meaning of the original title while sounding natural in Swedish.